马鞭草种子多年生草本，通常高30～120cm。茎上部方形，老后下部近圆形。叶对生，卵形至短圆形，长2～8cm，宽1～4cm，两面有粗毛，边缘有粗锯齿或缺刻，茎生叶无柄，多数3深裂，有时羽裂，裂片边缘有不整齐锯齿。穗状花序顶生或生于上部叶腋，开花时通常似马鞭，每花有1苞片，苞片比萼略短，外面有毛；花萼管状，5齿裂；花冠管状，淡紫色或蓝色，近2唇形；雄蕊4，二强；子房4室，每室1胚珠。熟时分裂为4个长圆形的小坚果。花期6～8月，果期7～11月。